一般来说，拓扑指数，有时也称为图论指数，是化学图的数值不变量 (Plavšić et al. 1993)。 特定的拓扑指数包括 Balaban 指数、Harary 指数、分子拓扑指数 和 Wiener 指数。 除非另有说明，否则氢原子通常在这些指数的计算中被忽略，就像有机化学家在将苯环写成六边形时通常所做的那样 (Devillers and Balaban 1999, p. 25)。
图指标的“拓扑指数”定义为
其中 是邻接矩阵， 是图距离矩阵，并且 表示 矩阵加法 的行列式 (Devillers and Balaban 1999, p. 31)。
Devillers, J. 和 Balaban, A. T. (Eds.). 拓扑指数和 QSAR 与 QSPR 中的相关描述符。 阿姆斯特丹，荷兰：Gordon and Breach, p. 31, 1999。Plavšić, D.; Nikolić, S.; Trinajstić, N.; 和 Mihalić, Z. "关于用于表征化学图的 Harary 指数。" J. Math. Chem.12, 235-250, 1993.Schultz, H. P. "拓扑有机化学。 1. 烷烃的图论和拓扑指数。" J. Chem. Inf. Comput. Sci.29, 227-228, 1989.Schultz, H. P.; Schultz, E. B.; 和 Schultz, T. P. "拓扑有机化学。 第 2 部分。烷烃的图论、矩阵行列式和特征值以及拓扑指数。" J. Chem. Inf. Comput. Sci.30, 27-29, 1990.
是邻接矩阵，
是图距离矩阵，并且 
表示 矩阵加法 的行列式 (Devillers and Balaban 1999, p. 31)。